Os primeiros passos da administração militar foram marcados pela chegada de Tomé de Sousa ao Brasil, em 1549, trazendo a primeira lei orgânica para a Força Armada do Brasil.
Desembarcaram em terras brasileiras cerca de seiscentos degredados, muitos colonos e seis jesuítas chefiados pelo Padre Manuel da Nóbrega.
Naquela época, os militares portugueses recebiam as “soldadas” e com elas deviam se alimentar. O pagamento era executado pela Vedoria-Geral das Tropas Portuguesas, cujo modelo foi adaptado por Tomé de Sousa para as tropas que se instalavam no Brasil.
Em 1643, foi criada Vedoria-Geral da Gente da Bahia, transformada, após mais de um século, em Tesouraria-Geral das tropas da Bahia. Outras tesourarias gerais foram criadas em Pernambuco, no Rio Grande do Sul e no Rio de Janeiro.
Tinham, dentre outras competências, o encargo de pagar as despesas de pequeno porte, as pensões dos párocos, os salários do funcionalismo, os gastos da artilharia, as compras dos armazéns reais e o soldo das tropas.
Em 1841, foi criada a Contadoria Geral, ficando incorporada à já existente Secretaria dos Negócios da Guerra. Àquela OM foi atribuída a missão de realizar toda receita e despesa relacionada ao pessoal do Exército.
Sucederam a Contadoria Geral as seguintes organizações militares: a Contadoria Geral da Guerra, a Direção Geral de Contabilidade da Guerra, a Divisão de Fundos, a Diretoria Geral de Contabilidade da Guerra e a Diretoria de Fundos.
Em 1942, ocorreu significativa reorganização do Serviço de Intendência do Exército. Foi criada uma Subdiretoria de Intendência, subordinada à Diretoria de Intendência do Exército. Mesmo ato criou os estabelecimentos de fundos regionais, subordinados às regiões militares, com encargos de repassar os recursos destinados ao pagamento do pessoal.
Em 1944, foram criadas as Pagadorias de Inativos e Pensionistas nas Regiões Militares e, no ano seguinte, a Pagadoria de Inativos e Pensionistas do Rio de Janeiro, após o término da 2ª Guerra Mundial.
Em 1950, a Subdiretoria de Fundos do Exército passou a denominar-se Diretoria de Finanças do Exército. Uma de suas atribuições era a de suprir as necessidades de numerário das OM, nas rubricas material e pessoal.
Em 1959, a Diretoria de Finanças do Exército passou a enquadrar a Pagadoria Central de Inativos e Pensionistas, a quem cabia centralizar o pagamento dos inativos e pensionistas do território da 1ª Região Militar. Em dezembro de 1962, aquela OM passou a denominar-se Pagadoria Central do Exército.
Em 03 de março de 1982, por meio do decreto 86.979, foi criado o Centro de Pagamento do Exército, recebendo os encargos e parte dos efetivos das pagadorias regionais e da Pagadoria Central do Exército.